ТОП просматриваемых книг сайта:
mixOmics для гуманитариев. Денис Владимирович Соломатин
Читать онлайн.Название mixOmics для гуманитариев
Год выпуска 2021
isbn
Автор произведения Денис Владимирович Соломатин
Жанр Программы
Издательство ЛитРес: Самиздат
plot(My_result.pca2)
Следующая команда:
My_result.pca2
Выведет собственные значения для первых трех главных компонент:
PC1 PC2 PC3
2.8142478 1.2477355 0.7394421
Пропорциональное отношение объяснённой ими дисперсии:
PC1 PC2 PC3
0.5433274 0.2408917 0.1427590
И совокупное значение оной по мере увеличения числа главных компонент:
PC1 PC2 PC3
0.5433274 0.7842191 0.9269781
К сожалению, не существует строгих правил, руководствуясь которыми можно определить, сколько компонентов должно быть включено в PCA, – это зависит от данных и от уровня шума. Зачастую просто по приведённой выше диаграмме делают вывод о том, что увеличение количества главных компонент в модели не способствует резкому увеличению оставшейся доли объяснённой дисперсии.
С другой стороны, всегда можно посмотреть на переменные коэффициенты в каждом компоненте с векторами нагрузки. Весы нагрузки представлены по убыванию абсолютной величины снизу вверх. Абсолютное значение указывает на важность каждой переменной для определения каждого главной компоненты и представлено длиной каждого прямоугольника:
plotLoadings(My_result.pca)
Можно открыть справку командой ?plotLoadings, чтобы ознакомиться с полным списком аргументов. Следующий пример покажет только две темы, оказавших наибольше влияние на разделение, с указанием их названий и увеличением шрифта на 10%:
plotLoadings(My_result.pca, ndisplay = 2,
name.var = c('первая тема','вторая тема','третья тема','четвертая тема','пятая тема'),
size.name = rel(1.1))
Такое представление будет особенно информативным в случае, когда необходимо выбирать из нескольких переменных. Диаграммы и графики можно отображать интерактивно в 3D, используя стилевую опцию style="3d". Для этого используется пакет rgl, устанавливаемый и подключаемый предварительно:
Конец ознакомительного фрагмента.
Текст предоставлен ООО «ЛитРес».
Прочитайте эту книгу целиком, купив полную легальную версию на ЛитРес.
Безопасно оплатить книгу можно банковской картой Visa, MasterCard, Maestro, со счета мобильного телефона, с платежного терминала, в салоне МТС или Связной, через PayPal, WebMoney, Яндекс.Деньги, QIWI Кошелек, бонусными картами или другим удобным Вам способом.